İsmet İnönü Atatürk'ün ölümü üzerine 11 Kasım 1938'de cumhurbaşkanlığına seçildi. Cumhurbaşkanlığının yanı sıra CHP genel başkanlığına da getirildiğinden yönetim üzerinde geniş otorite sahibi oldu. CHP'nin 26 Aralık 1938'de toplanan I. Olağanüstü Kurultay'ında partinin "değişmez genel başkan"ı seçildi. Ayrıca kendisine Millî Şef sıfatı verildi.

Cumhurbaşkanı seçilmesinden hemen sonra başlayan II. Dünya Savaşı (1939-1945) döneminde İnönü ülkeyi savaştan uzak tutmaya çalıştı. Savaş yıllarındaki ekonomik ve toplumsal sıkıntılar ise, dönemin unutulmayan mirası olarak kaldı. Yine bu dönemde Hasan Ali Yücel'in öncülüğündeki Köy Enstitüleri kuruldu ve geliştirildi.